Vo výstavných vitrínach Múzea totality sa nachádzajú desiatky vlajok k vystaveným témam. Vlajky v nich visia trvale a vhodne dopĺňajú výstavný priestor.
Stovky vlajok štátnych podnikov, rôznych športových a kultúrnych podujatí, či tie s politickou propagandou ale stále vystavené nie sú.
Uložené sú bezpečne v stohovateľných plastových boxoch, kde čakajú na príležitosť vystavenia napr. pri tématických výstavách.
